جامعة الفاشر هي جامعة حكومية، سودانية المنهج والهوية والإدارة، قومية التوجه والقبول والإنشاء وعضواً في إتحاد الجامعات السودانية والعربية والأفريقية، ولها إتفاقيات تعاون مع جامعات إقليمية ودولية. يرجع تاريخ نشأتها إلى نوفمبر 1975م حيث أصدر رئيس الجمهورية الأسبق جعفر محمد نميري القرار الجمهوري رقم (8) الذي قضى بإنشاء جامعة بدارفور، ولكن لم يتحقق ذلك الحلم إلا في عام 1990م حيث أصدر السيد رئيس الجمهورية عمر حسن أحمد البشير القرار الجمهوري رقم (142 ) بإنشاء جامعة في دارفور تحت اسم “جامعة الفاتح من سبتمبر“، و تم افتتاحها رسمياً بمدينة الفاشر حاضرة دارفور الكبرى وقتها في فبراير 1991م في مباني تتبع لشركة (ريكي الإيطالية) غرب مطار الفاشر وجنوب مدرسة الفاشر الثانوية سابقاً ، والتي كانت تعمل في إنشاء بعض الطرق الداخلية بالولاية.

وفي عام 1993م تم تقسيم إقليم دارفور إلى ثلاث ولايات فاستقلت كل ولاية بالكلية التي فيها لتصبح نواة لجامعة، وعليه صارت الكليات المتبقية من جامعة الفاتح من سبتمبر نواة لجامعة الفاشر بحاضرة ولاية شمال دارفور.

تطورت هذه المؤسسة فانضم إلى رحابها (معهد إعداد المعلمين بالفاشر) بمبانيه ومساحته والذي انتقلت إليه كلية التربية، تاركةً مباني شركة ريكي لإدارة الجامعة وكلية الطب، فأنشئت فيها المشرحة والمكتبة المركزية والقاعات والمعامل ونشاط الطلاب والمرافق الخدمية الأخرى. ثم أُلحقت بالجامعة مدرسة الفاشر الثانوية بمبانيها ومساحتها في العام 1994م لتصبح نواةً لمجمع الكليات والذي يضم بداخله كلية علوم البيئة والموارد الطبيعية وكلية التنمية البشرية وكلية التربية لمعلمي الأساس. ثم توسعت الجامعة فضمت إليها مدرسة المعاونين الصحيين لتصبح نواة لكلية العلوم الصحية التطبيقية، ثم ألحق بها مركز تدريب الشباب بالفاشر والذي يضم بداخله معهد القرآن الكريم وكلية الشريعة والقانون ، بالإضافة إلى إنشاء المراكز البحثية والمزارع التجريبية في كل من، ساق النعام وكبكابية ثم المدينة الجامعية لسكن الطلاب والطالبات و سكن الأساتذة.

رؤيتنا هي أن نكون جامعة رائدة ، ملتزمة تمامًا بضمان توفير تعليم عالي الجودة؛ قائم على المعايير الأكاديمية والمهنية، توفير الدعم الكامل لتحقيق التميز في البحث العلمي لتمكين الطلاب والخريجين من الاستفادة من الخبرات التعليمية والأكاديمية على مستوى الجامعة مع التفاعل المستمر والاستجابة لاحتياجات المجتمع.

• تشجيع ودعم البحوث التي تساهم في تطوير المعرفة وتلبية احتياجات الدولة.
• خلق بيئة بحثية جاذبة ومحفزة تشجع علي الابتكار.
• توفير أعلى مستويات الجودة في التعليم لتأهيل خريجين أكفاء من خلال التعليم والبحث المبتكر متعدد التخصصات.
• خلق بيئة تعليمية تساهم في تحفيز الطلاب والخريجين والباحثين وتمكنهم من اكتساب التميز الأكاديمي والسلوك الأخلاقي الأعلى ورفع مستوى الكفاءة المهنية.

تهدف الجامعة لتحقيق الأغراض التالية :-

(1) توكيد هوية الأمة السودانية وتأصيلها من خلال المنهج.

(2) إجراء البحوث العلمية التطبيقية المرتبطة بحاجات المجتمع المحلي والقومي فى سبيل خدمته والإرتقاء به.

(3) ابتكار التقنية وتوظيفها لخدمة المجتمع السوداني بالتعاون مع الجامعات ومؤسسات التعليم العالي الأخرى بالبلاد.

(4) الاهتمام بالبيئة السودانية عامة وبيئة ولاية شمال دارفور بصفة خاصة وتأهيل الكادر القادرعلى ترقيتها وحل قضايا الولاية المتعلقة بالبيئة.

(5) التفاعل مع المواطن فى الريف بتفهم مشاكله والإعتراف بمعرفته وخبرته والعمل معه على تطويرها وفق حاجته وقيمه .

(6) الإهتمام بقضايا التنمية البشرية والفكر والقيم الدينية.

(7) إعداد الطلاب ومنحهم الإجازات العلمية.

(8) الانفتاح على الدول الإفريقية وتوطيد الصلات معها ونقل الحضارة الإسلامية إليها.

(9) تقوية الصلاة العلمية والثقافية والتقنية مع دول العالم.

(10) الإسهام فى تحديث أسلوب العمل العلمي والإداري والإنتاجي والعمل على استيعاب التقنية الحديثة وتطويرها وربطها بحاجات البيئة السودانية.